《条例》要求,对于排放水污染物超过国家或者地方规定排放标准、或者超过国家重点水污染排放总量控制指标的,要求由县级以上环保部门责令限期治理,并处以应缴排污费数额5倍的罚款。未限期治理的,将责令其停业、关闭。
《条例》还加大了责任追究力度,并进一步细化和严格了水污染违法行为的处罚方式,规定县级以上人民政府及其环境保护行政主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门、机构违反规定,未完成重点水污染物排放总量控制指标的,未依法审批环境影响评价文件的,未规划设置水环境质量监测点的,未按规定公布水环境质量信息的,将对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分。造成严重后果的,给予撤职或者开除处分,其主要负责人应当引咎辞职。