第一条，全面控制污染物排放。针对工业、城镇生活、农业农村和船舶港口等污染来源，提出了相应的减排措施。包括依法取缔“十小”企业，专项整治“十大”重点行业，集中治理工业集聚区污染;加快城镇污水处理设施建设改造，推进配套管网建设和污泥无害化处理处置;防治畜禽养殖污染，控制农业面源污染，开展农村环境综合整治;提高船舶污染防治水平。
第二条，推动经济结构转型升级。调整产业结构、优化空间布局、推进循环发展，既可以推动经济结构转型升级，也是治理水污染的重要手段。包括：加快淘汰落后产能;结合水质目标，严格环境准入;合理确定产业发展布局、结构和规模;以工业水循环利用、再生水和海水利用等推动循环发展等。
第三条，着力节约保护水资源。实施最严格水资源管理制度，严控超采地下水，控制用水总量;提高用水效率，抓好工业、城镇和农业节水;科学保护水资源，加强水量调度，保证重要河流生态流量。
第四条，强化科技支撑。完善环保技术评价体系，加强共享平台建设，推广示范先进适用技术;要整合现有科技资源，加强基础研究和前瞻技术研发;规范环保产业市场，加快发展环保服务业，推进先进适用技术和装备的产业化。
第五条，充分发挥市场机制作用。加快水价改革，完善污水处理费、排污费、水资源费等收费政策，健全税收政策，发挥好价格、税收、收费的杠杆作用。加大政府和社会投入，促进多元投资;通过健全“领跑者”制度、推行绿色信贷、实施跨界补偿等措施，建立有利于水环境治理的激励机制。
第六条，严格环境执法监管。加快完善法律法规和标准，加大执法监管力度，严惩各类环境违法行为，严肃查处违规建设项目;加强行政执法与刑事司法衔接，完善监督执法机制;健全水环境监测网络，形成跨部门、区域、流域、海域的污染防治协调机制。
第七条，切实加强水环境管理。未达到水质目标要求的地区要制定实施限期达标的工作方案，深化污染物总量控制制度，严格控制各类环境风险，稳妥处置突发水环境污染事件;全面实行排污许可证管理。
第八条，全力保障水生态环境安全。建立从水源到水龙头全过程监管机制，定期公布饮水安全状况，科学防治地下水污染，确保饮用水安全;深化重点流域水污染防治，对江河源头等水质较好的水体保护;重点整治长江口、珠江口、渤海湾、杭州湾等河口海湾污染，严格围填海管理，推进近岸海域环境保护;加大城市黑臭水体治理力度，直辖市、省会城市、计划单列市建成区于2017年底前基本消除黑臭水体。
第九条，明确和落实各方责任。建立全国水污染防治工作协作机制。地方政府对当地水环境质量负总责，要制定水污染防治专项工作方案。排污单位要自觉治污、严格守法。分流域、分区域、分海域逐年考核计划实施情况，督促各方履责到位。
第十条，强化公众参与和社会监督。国家定期公布水质最差、最好的10个城市名单和各省(区、市)水环境状况。依法公开水污染防治相关信息，主动接受社会监督。邀请公众、社会组织全程参与重要环保执法行动和重大水污染事件调查，构建全民行动格局。
